Katalogowanie próbek w erze cyfrowej: jak kody kreskowe mogą usprawnić życie genetykowi

avatar
Dr Marzena Wojtaszewska 25 Lut, 3 minut czytania

 

Czytniki kodów kreskowych istnieją już od dawna, coraz częściej spotyka się je także w laboratoriach klinicznych do tagowania próbek od pacjentów. Jednakże wciąż sporadycznie spotyka się w Polsce placówki, które zdecydowały się na wprowadzenie tego systemu w laboratoriach biologii molekularnej.

Zapytacie zapewne, na ile takie rozwiązanie się sprawdza- próbówki eppendorfa są malutkie, PCRówki jeszcze mniejsze, a ich zawartość można z powodzeniem opisać markerem. Niby tak, ale gdy próbek przybywa, przybywa też kłopotów z ich składowaniem i opisywaniem- szczególnie jeśli zespół w laboratorium często się zmienia (np. przychodzą praktykanci, magistranci, doktoranci) lub pracuje zmianowo, a każdy pracownik ma inny system opisywania. Powstają także kolejne biobanki, które muszą szybko i precyzyjnie być w stanie odnaleźć konkretną próbówkę wśród tysięcy innych.

Jak efektywnie katalogować próbki?

Katalogowanie próbek najlepiej prowadzić elektronicznie, niezależnie od tego czy mamy dedykowany system komputerowy i sprzęt do szyfrowania i odczytywania kodów kreskowych/QR, czy też nie.  Poczciwy MS Excel lub OpenCalc spełnią swoje zadanie jako prymitywne bazy danych, bardziej biegli w sztukach programistycznych mogą spróbować sił w MS Access czy też stworzyć bazę opartą o MySQL, Javę czy Oracle. Takie bazy, tzw. LIMS (ang. Laboratory Information Menagement Systems) można zresztą zamówić u dobrego specjalisty IT i wcale nie jest to kosmicznie drogie, zważywszy na przyszłą wygodę i wydajniejszą organizację pracy.

Przede wszystkim rozpoczynając katalogowanie prób musimy wprowadzić ogólne zasady składowania materiału, takie jak format próbówek i ich kolor (np. primery trzymamy w 0,5ml próbówkach, standardy do qRT w zakręcanych 2ml eppendorfach itd.) i spisać je w laboratoryjnym systemie zarządzania jakością. Dodatkowo musimy ustalić, co znajdzie się na etykietach, w jakich pojemnikach zbiorczych będziemy przechowywać próbki i jak te pojemniki opisywać. Jeżeli do tego uda nam się wprowadzić wśród załogi laboratorium konsensus co do tego, jak numerować próbki, to jesteśmy na dobrej drodze do wprowadzenia całkiem sensownego systemu katalogowania.

Teraz pozostaje już tylko wybór formatu etykiet samoprzylepnych, rodzaju drukarki, skanera i można kupować nowoczesny system archiwizacji!

Co wchodzi w skład systemu do automatycznego katalogowania próbek?

Podstawowe wyposażenie takiego systemu to czytnik kodów kreskowych (1D lub 2D, polecam te drugie) i oprogramowanie szyfrujące, drukarka zdolna do wydruku etykiet o odpowiadającym nam formacie na odpowiednich typach folii i kalek (np. folia wytrzymująca niskie lub wysokie temperatury, kalka odporna na rozpuszczalniki organiczne lub moczenie). Do tego zamawiamy odpowiednią ilość taśmy termosublimacyjnej do druku etykiet w pożądanym rozmiarze. Potrzebne nam też będzie oprogramowanie, które rozpozna kody i przyporządkuje je naszym próbkom. Takie zestawy urządzeń i oprogramowania są oferowane przez firmy wraz z serwisem i pomocą techniczną. Jeśli mamy do wydania naprawdę duże pieniądze, możemy zakupić kompletne rozwiązanie do biobankowania, w skład którego wchodzą specjalne próbówki i płytki wyposażone od razu w kody QR, roboty do skanowania i manipulowania próbkami, a także oprogramowanie do tworzenia map lokalizacji próbek w rackach, zamrażarkach a nawet całych chłodniach.

Ile to kosztuje?

Najprostsze systemy dla laboratoriów kosztują kilka tysięcy złotych. Warto jednak dobrze sprawdzić, czy wszystkie moduły do siebie pasują, czy firma wycina tak małe naklejki, które zmieszczą się na próbówkach eppendorfa oraz na PCRówkach. Sprawdźmy, czy oferowane taśmy i kalki spełniają zadeklarowane przez nas parametry i przetestujmy oprogramowanie. Nie zawsze będzie ono wygodne w użytkowaniu i „user friendly”.

Droższe systemy potrafią kosztować nawet kilkadziesiąt- kilkaset tys. zł, mają jednak wówczas przejrzysty interfejs i dostosowane np. do specyficznych potrzeb biologii molekularnej oprogramowanie. Kompletne zrobotyzowane systemy biobankowania to już rząd wielkości „500 tys zł+”. Wybór systemu zależy głównie od funduszu, jakim dysponujemy i od tego, ile i jakiego materiału będziemy oklejać i archiwizować.

Czy warto?

Definitywnie warto! Czas pracy potrzebny na odnalezienie próbki z nadrukowaną etykietą maleje kilkukrotnie względem pisma odręcznego, jest też mniej pomyłek i niemal zerowe ryzyko zatarcia się danych z próbówki. Ale żeby było warto, trzeba najpierw dostosować swój tryb pracy do możliwości systemu i gruntownie przemyśleć, na czym nam naprawdę zależy i w jaki sposób to osiągnąć. Trudno jest zrezygnować z nowego, drogiego systemu, który okaże się nieprzydatny lub niewygodny! Dlatego dajmy sobie czas, by przemyśleć wszystko, przetestować i dopiero wtedy zdecydować się na zakup.

1. https://www.computype.com/en-gb/blog/how-outsourcing-sample-labelling-improves-lab-costs-and-efficiency

2. https://www.biobanking.com/

3. Kahn SE. Specimen mislabeling : A significant and costly cause of potentially serious medical errors April 2005

 

Tekst ten oryginalnie powstał dla portalu Dolina Biotechnologiczna. Dzięki uprzejmości dr Zazuli możliwe było jego odświeżenie i ponowne opublikowanie przez Autorkę dla portalu “Genetyka”.

Podziel się: