Bioinformatyka

Porównanie metod sekwencjonowania – jak nie pogubić się w gąszczu terminów „short-reads”, „long-reads”, NGS?

Niby wszystko proste, jasne, wręcz intuicyjne. Ale czy na pewno…? Długo szukałam dobrego opracowania, które w przystępny i rzetelny sposób porównywałoby wszystkie używane technologie sekwencjonowania – i gdy wreszcie takie znalazłam, to jest już odrobinkę nieaktualne, bo wydane w 2021 roku, a zatem pisane w 2020. A mamy 2024, co w nauce jest już ogromną przepaścią. Niemniej jednak opracowanie jest bardzo dobre (i ma tabelki!), więc nie waham się i polecam je Wam również – a w skrócie poniżej dodam, co się obecnie zmieniło (na korzyść).

avatar
Dr Paula Dobosz 13 cze, 4 minut czytania, poziom zaawansowany

Co bioinformatyka może nam powiedzieć na temat nieznanych białek?

Doświadczenia biochemiczne i biofizyczne są podstawowym narzędziem pozwalającym nam odkrywać biologiczną rolę białek, kluczowych elementów tworzących komórki żywych organizmów. Metody obliczeniowe (bioinformatyczne) pozwalają nam jednak na szybkie uzyskiwanie coraz większej liczby informacji o coraz lepszej jakości. Oto krótki przegląd tego co współczesna bioinformatyka może nam powiedzieć o białku.

avatar
Dr Krzysztof Szczepaniak 29 wrz, 4 minut czytania, poziom zaawansowany

Od przybytku głowa (nie) boli. Jak znaleźć funkcje białek zakodowanych w metagenomach?

Odkąd w 1995 r. zsekwencjonowano pierwszy genom (Haemophilus influenzae), genomika nabrała tempa. Pełne sekwencje modelowych tzw. referencyjnych organizmów miały z założenia dać zestaw genów charakterystyczny dla danej grupy taksonomicznej organizmów, który można by następnie porównać. I tak w 1999 r. ukończono projekt sekwencjonowania genomu ludzkiego.

avatar
Dr Łukasz Szydłowski 29 wrz, 5 minut czytania, poziom zaawansowany

Popularne formaty danych biologicznych

Ściśle określone zasady formatowania danych pozwalają na zrozumienie zawartości pliku przez każdą osobę na świecie jak również jego zautomatyzowaną obróbkę standardowymi narzędziami. W tym artykule omówiono 6 wybranych formatów danych biologicznych.

Magda Mielczarek
Magda Mielczarek 29 wrz, 10 minut czytania, poziom średni

Sztuczna inteligencja w medycynie i naukach biologicznych

Sztuczna inteligencja na dobre zadomowiła się w medycynie i naukach biologicznych, podbijając zarówno diagnostykę, jak i rozwój nowych leków czy badania kliniczne, oparte przede wszystkim na metodach laboratoryjnych.

admin
admin 30 gru, 6 minut czytania, poziom zaawansowany

Biomedyczne science fiction. Jak będziemy leczyć nowotwory w połowie XXI wieku?

Gdy czytamy o aktualnych przełomach w onkologii i patrzymy wstecz na ostatnie 50 lat, dostrzegamy jak niezwykle dynamiczny był rozwój tej dziedziny medycyny. Popuszczając wodze fantazji łatwo przewidzieć w jakim kierunku rozwinie się ona w niedalekiej przyszłości. Po pierwsze onkologia stanie się zdecydowanie bardziej „molekularna”. Już dziś istotniejsze dla medycyny jest to nie jak guz wygląda na oko (pod mikroskopem), ale to jak wygląda od strony molekularnej czy genetycznej.

Bartosz Wojtas
Bartosz Wojtas 26 wrz, 6 minut czytania, poziom średni

Elegancki wiersz poleceń

Wiersz poleceń systemu operacyjnego Linux to potężne narzędzie do edycji i przetwarzania danych dla biologów zajmujących się danymi sekwencyjnymi. Genomika nie może istnieć bez bioinformatyki, a może odwrotnie...? ;)

Magda Mielczarek
Magda Mielczarek 27 lut, 7 minut czytania, poziom zaawansowany

Artysta w świecie nauki  Jak artyści i naukowcy mogą sobie nawzajem pomóc?

Wyjątkowo gościem "Genetyki" nie jest genetyk, lecz artysta. Reżyser zafascynowany nauką, a genetyką w szczególności. Piotr Brożek jest absolwentem reżyserii w Gdyńskiej Szkole Filmowej, historii na UMCS w Lublinie oraz intermediów w gdańskiej Akademii Sztuk Pięknych w pracowni Grzegorza Klamana, gdzie jest obecnie doktorantem. W ramach pracy w Laboratorium Edukacji i Animacji zrealizował pierwsze w Polsce warsztaty Digital Storytelling.

Maria Stępień
Maria Stępień 30 sie, 5 minut czytania, poziom średni

Jak tyka Twój epigenetyczny zegar?

Pokaż mi swoje DNA, a odgadnę ile masz lat! Nie dzięki czarom, ale dzięki wynalazkowi Steve'a Horvatha - zegarowi epigenetycznemu. Jak on działa? Czy nasze DNA może rdzewieć? Jak przedłużyć ludzkie życie? I co ma do tego sumeryjski król?

Magdalena Drożdż
Magdalena Drożdż 29 cze, 6 minut czytania, poziom podstawowy+

Sekwencjonowanie genomu w pigułce. O poszukiwaniach igły w stogu siana

Pierwszy ludzki genom został zsekwencjonowany stosunkowo niedawno – projekt Human Genome Project (HGP) został zakończony w kwietniu 2003 roku. Zsekwencjonowanie wszystkich 3 miliardów nukleotydów, tworzących ludzki genom, zajęło naukowcom z całego świata 13 lat i kosztowało blisko 5 miliardów dolarów. Dzisiaj, dzięki niezwykłemu postępowi technicznemu i zastosowaniu najnowszych osiągnięć naukowo-technologicznych zsekwencjonowanie genomu ludzkiego możliwe jest nawet w 24 godziny!

mgr Filip Wolbach
mgr Filip Wolbach 29 maj, 5 minut czytania
WGS whole genome sequencing

Sekwencjonowanie całego genomu

Sekwencjonowanie całego genomu, w skrócie WGS, rozpoczęło już nową erę medycyny personalizowanej. Na czym polega ta technologia i dlaczego niebawem będzie standardem w medycynie?

Gabriela Zając
Gabriela Zając 14 sty, 7 minut czytania, poziom podstawowy+